Au début du 20e siècle sont creusés les Bassins du commerce et de l’industrie, marquant l’ouverture directe sur le Rhin. Le port est alors municipal.
En 1926, le Port autonome de Strasbourg est créé sous la forme d’un établissement public, en application d’une convention entre l’État et la Ville de Strasbourg, pour assurer l’extension des installations portuaires. En 2016, l’établissement a fêté son 90e anniversaire.
L’établissement poursuit le développement de la circonscription portuaire strasbourgeoise avec la réalisation de l’Écluse sud, des Bassins des remparts, Vauban et René Graff (1927-1931), du Port aux Pétroles (1927, étendu en 1963), des avant-ports Nord (1927) et Sud (1935), puis de la partie sud du port (à partir de 1950), ainsi que l’aménagement des zones annexes de Marckolsheim à Lauterbourg.