Les différents sites portuaires du PAS (Strasbourg, Lauterbourg, Marckolsheim et Beinheim, pour les principaux) sont tous situés dans la vallée rhénane, l’un des espaces les plus riches en termes de biodiversité de la région. Les sites portuaires sont ainsi au contact de forêts alluviales qui bénéficient de mesures spécifiques de protection ou de gestion (7 500 ha de forêt rhénane sont classés en forêt de protection et en réserve naturelle). Cette situation géographique des espaces portuaires réclame des actions volontaristes pour aménager en harmonie avec les continuités écologiques, tout en respectant la destination industrielle et logistique des sites concernés.
Sur ses différents sites, le PAS gère des espaces verts, des bassins portuaires et est également propriétaire de quelques terres agricoles louées à des agriculteurs.
Face aux diagnostics internationaux qui font état d’un recul généralisé, ces dernières décennies, de la biodiversité sur la planète et d’un risque de sixième extinction de masse, le PAS souhaite contribuer, à son échelle, à l’effort collectif de préservation. Cet engagement volontaire tient à la conviction que le caractère économique et industriel des espaces que gèrent le PAS n’est pas contradictoire avec la mise en œuvre d’actions en faveur de la biodiversité.