Zu Beginn der 20. Jahrhunderts wurden die Hafenbecken Bassin du Commerce und Bassin de l’Industrie angelegt, womit der Hafen direkt vom Rhein aus erreichbar war. Damals war die Stadt Straßburg Eigentümerin des Hafens.
Um den Ausbau der Hafenanlagen zu ermöglichen, wurde 1926 auf der Grundlage einer Vereinbarung zwischen dem französischen Staat und der Stadt Straßburg der Port autonome de Strasbourg als öffentlich-rechtliche Verwaltungskörperschaft begründet. 2016 feierte er sein 90-jähriges Bestehen.
Im Zuge der Ausweitung des Hafengebiets wurden die Südschleuse (Ecluse sud), die Hafenbecken Bassin des Remparts, Bassin Vauban und Bassin René Graff (1927-1931), der Ölhafen (Port aux Pétroles – 1927, Erweiterung 1963) und die Vorhäfen im Norden (Avant-Port Nord – 1927) und im Süden (Avant-Port Sud 1935) angelegt. Im weiteren Verlauf entstanden der südliche Teil des Hafens (ab 1950) und die ausgelagerten Hafenanlagen in Marckolsheim und Lauterbourg.